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O AFRMM destina-se a atender aos encargos da intervenção da União no apoio ao desenvolvimento da marinha mercante e da indústria de construção e reparação naval brasileiras e constitui fonte básica do Fundo de Marinha Mercante – FMM, incidindo sobre o frete, que é a remuneração do transporte aquaviário da carga de qualquer natureza descarregada em porto brasileiro.

O AFRMM será calculado sobre a remuneração do transporte aquaviário, aplicando-se as seguintes alíquotas:
(20%) vinte e cinco por cento na navegação de longo curso;
(10%) dez por cento na navegação de cabotagem; e
(40%) quarenta por cento nas navegações fluvial e lacustre, quando do transporte de granéis líquidos nas Regiões Norte e Nordeste.

Nota:
O conhecimento de embarque é o documento hábil para comprovação do valor da remuneração do transporte aquaviário.
Nos casos em que não houver a obrigação de emissão do conhecimento de embarque, o valor da remuneração do transporte aquaviário, para fins de cálculo do AFRMM, será apurado por declaração do contribuinte.

De acordo com a Lei nº 10.893/2004, em seu artigo 10, diz que:
Art. 10. O contribuinte do AFRMM é o consignatário constante do conhecimento de embarque.
§ 1o O proprietário da carga transportada é solidariamente responsável pelo pagamento do AFRMM, nos termos do art. 124, inciso II, da Lei no 5.172, de 25 de outubro de 1966 – Código Tributário Nacional.
§ 2o Nos casos em que não houver obrigação de emissão do conhecimento de embarque, o contribuinte será o proprietário da carga transportada.
Segundo a Súmula 553 do Supremo Tribunal Federal, o AFRMM é uma contribuição parafiscal de intervenção da União no domínio econômico, relacionado de modo mais próximo com a atividade de navegação mercante do que com a operação de importação propriamente dita.

E como não era considerada na base de cálculo do ICMS incidente sobre a importação de mercadorias.

Nesse sentido, era manifestado pela Consultoria Tributária da Secretária da Fazenda do Estado de São Paulo na resposta a consulta nº 32/1994, item 2.2, disponível no site do Posto Fiscal Eletrônico do Estado da SEFAZ/SP. A Lei nº 12.599/2012, determina que o AFRMM está sujeito as normas relativas ao processo administrativo fiscal de determinação de exigência do credito tributário e de consulta. Com isto o fisco estadual altera o seu posicionamento no sentido de que o valor do adicional deve ser incluído na base do ICMS.

Por meio da Sumula 553 determina que o AFRMM é uma contribuição parafiscal.