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O recolhimento dos tributos federais cobrados nas importações brasileiras são feitos pelo SISCOMEX diretamente na conta corrente do importador, durante o registro da Declaração de Importação, que é feita pelo despachante devidamente credenciado. O procedimento adotado para o débito começa com o próprio importador, autorizando o banco com quem ele opera, a aceitar o débito. O despachante, por sua vez e antes do débito, informa ao importador os valores dos tributos federais, a saber: imposto de importação, imposto sobre produtos industrializados, PIS/COFINS. O cálculo é feito baseado na documentação que ampara a operação, tais como: fatura comercial, conhecimento de embarque (tanto pode ser aéreo quanto marítimo) e packing list e a alíquota dos tributos é baseada na Nomenclatura Comum do Mercosul (NCM), correspondente ao produto importado. O débito desses tributos ocorre no momento do registro da DI (Declaração de Importação) e é feito somente após a confirmação/autorização de importador.